需要根据双方的调解协议来看，赔偿金的支付是由双方在调解协议中约定的，即由双方协商确定。调解之后，调解机构会出具有法律效力的民事调解书，调解书上会明确的写明什么时间支付相应的款项，如果不支付会面临什么样的处罚等等。双方可以约定签订协议当时将现金交给法院由法院转交给另一方，也可以约定签订后一段时间内支付。
《医疗纠纷预防和处理条例》
第三十一条
申请医疗纠纷人民调解的，由医患双方共同向医疗纠纷人民调解委员会提出申请；一方申请调解的，医疗纠纷人民调解委员会在征得另一方同意后进行调解。申请人可以以书面或者口头形式申请调解。书面申请的，申请书应当载明申请人的基本情况、申请调解的争议事项和理由等；口头申请的，医疗纠纷人民调解员应当当场记录申请人的基本情况、申请调解的争议事项和理由等，并经申请人签字确认。医疗纠纷人民调解委员会获悉医疗机构内发生重大医疗纠纷，可以主动开展工作，引导医患双方申请调解。
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